Fredagens PMI-siffror är de bästa sedan februari, men innebär fortsatt att indexet ligger under den magiska gränsen på 50, som markerar gränsen mellan tillväxt och minskad ekonomisk aktivitet.
De nu publicerade siffrorna gör att PMI legat under den gränsen 16 månader i rad. Om PMI för augusti fastställs till under 50 innebär det att den negativa sviten blir längre än den var under finanskrisen som inleddes 2008.
Siffrorna sår även tvivel över de japanska bolagens tidigare förhoppningar om en återhämtning under det tredje kvartalet.
– Utsikterna för en stadig återhämtning är fortsatt högst osäker, säger Bernard Aw, vid IHS Markit, som har sammanställt de aktuella PMI-siffrorna.
Inom servicesektorn ligger PMI på något lägre nivå mot juli, på 45,0.
I måndags visade nya siffror att såväl den inhemska konsumtionen i Japan som landets export trycks nedåt i coronakrisen. För ekonomin som helhet innebär det att BNP krympte med 7,8 procent jämfört med första kvartalet och med 27,8 procent i så kallad beräknad årstakt. Exporten rasade med 18,5 procent under perioden.
Tidigare på fredagen släpptes även juli månads konsumentprisindex (KPI). Även de siffrorna visar att de japanska hushållen fortsätter att hålla hårt i plånboken. Analytiker hade räknat med en svag uppgång, men KPI var helt oförändrat jämfört med juli månad i fjol.