Skadeläget är oklart. Tonåringen vårdas på intensiven vid Sunderby sjukhus.
– Det är en allvarlig olycka, säger Maria Linné vid polisens regionledningscentral.
Larmet om olyckan vid resecentrum kom vid 03.30-tiden. 16-åringen har varit uppe på tågvagnar i området och fått ström i kroppen.
Räddningstjänsten, ambulans och polis har varit på platsen.
Ytterligare ungdomar befann sig i området vid olyckstillfället, bekräftar polisen.
NSD träffar lokföraren Frank Svensson på fredag förmiddag, som inte hade hört talas om olyckan tidigare.
– Det är tragiskt för personen i fråga och anhöriga, absolut. Men alla vet att man inte har där att göra, säger Frank Svensson.
I nuläget är det oklart vad händelsen kommer att föranleda för vidare åtgärder från polisens sida.
Region Norrbotten uppger att man inte kan lämna ut några uppgifter om skadeläget.