Vid det klassiska femkilometersloppet i turkiska Erzurum var Henriksson hela tiden med i tätstriden men hon hade inte marginalerna med sig.
När hon skar mållinjen visade det sig att Sofia Henriksson missat bronsmedaljen med en dryg sekund.
Vann gjorde ryskan Natalia Zhukova före landsmaninnorna Elena Soboleva och Elena Serkohvostova.