Ställningen var 1-1 efter en period och Munksund kände nog att man hade häng på Brynäs i den avgörande matchen.
Fast i den andra och tredje perioden gjorde Brynäs fyra raka mål och vann till slut med 5-1.
Matchserien tog man hem med 2-1 i matcher efter två raka segrar.
Munksund gjorde annars en stabil första period men släppte ändå in första målet efter drygt fem minuters spel.
Man kom sedan tillbaka en aning när Astrid Lilja gjorde mål igen när hon satte kvitteringen till 1-1.
Hemmalaget drog på sig en utvisning under slutet och Munksund kunde trycka på en aning, utan att göra mål.
Munksund fick ytterligare ett läge i numerärt överläge utan att förvalta detta.
Emilia Carlsson Berg satte sedan 2-1 efter mer än halva perioden med en backhand.
När en minut återstod av perioden styrde Angelica Lorsell in 3-1 efter ett skott av Emma Eliasson.
Eliasson avslutade showen med två nya mål i den sista perioden och slog död på Munksunds dröm om en SM-final.