Händelsen är från december 2018, i samband med ett butiksinbrott skottskadade polisen pojken, enligt polisen var pojken hotfull och gjorde utfall med en spade.
Polisens agerande utreddes, utredningen kom fram till att inget tjänstefel begåtts.
16-åringen ska enligt domen betala skadestånd på drygt 20 000 kronor.
En 32-åring som stod åtalad för samma brott friades.