En sak som granskningen slår ner på är att Sameskolstyrelsen överskridit de statliga anslagen med 3,7 miljoner kronor. Riksrevisionen rekommenderar att Sameskolstyrelsen stärker den ekonomiska uppföljningen.
En annan är kritik mot missvisande resultatredovisning. Reglerna säger att inäkter och kostnader ska fördels ut på respektive verksamhetsområde, vilket Sameskolstyrelsen inte har gjort i sin redovisning enligt Riksrevisionen. Alla anslagsintäkter redovisas på ett enda verksamhetsområde: Sameskolan. Riksrevisionen slår också ned på att Sameskolstyrelsen redovisat felaktigt belopp för lokalkostnader. Sameskolsstyrelsen får i Riksrevisionens rapport rekommendationen att ta fram en modell som fördelar medlen på ett rättvisande sätt.
Brister i den interna styrningen är annan kritik samt att Sameskolsstyrelsen inte skickat ut betalningspåminnelser för föräldraavgifter under andra halvåret 2015, och inte heller skickat vidare ärenden till inkasso.