Brotten som mannen misstänks för ska, enligt kammaråklagare Lindha Strömberg, ha begåtts vid fyra tillfällen, januari 2008 till december 2012.
Mannen och flickan är bekanta och våldtäkterna ska ha ägt rum i bostaden.
Häktningsförhandlingarna hölls på tisdagseftermiddagen bakom lyckta dörrar.
Haparanda tingsrätt häktade mannen då det finns risk att han på fri fot kan försvåra utredningen men också att för brottet inte är föreskrivet lindrigare straff än fängelse i två år.
- Min klient förnekar brott, säger mannens försvarare, advokat Ulf Olofsson.
I övrigt vill varken åklagare eller försvarare yttra sig i fallet.