Beslutet togs när Laponiaförvaltningens partsråd träffades på onsdagen.
– Det här var en av trösklarna som vi var tvungna att ta oss över. Nu tror jag att regeringen kommer att permanenta den här lösningen, säger länsrådet Johan Antti.
Laponiatjuottjudus är inne på sitt femte och sista år under prövoperioden, där man övertagit ansvaret för världsarvet Laponia av länsstyrelsen. Nio samebyar, Jokkmokk och Gällivare kommuner samt staten via länsstyrelsen och Naturvårdsverket har representanter i förvaltningen.
Samebyarna har innehaft ordförandeskapet via sin intresseorganisation Mijá ednam och vägrat att släppa ifrån sig det. Jokkmokks kommun har inte varit nöjd med hur förvaltningen skötts och gått så långt att man hotat att dra sig ur samarbetet om inte ordförandeskapet delades.
Det hade i sådana fall inneburit att den lokala förvaltningen splittrats och ansvaret övergått till staten.
Läs mer: Högt spel om världsarvet
En arbetsgrupp har under lång tid arbetat med frågan utan att komma fram till en lösning. Ett fortsatt dödläge hade sannolikt inneburit att förordnandet inte förlängts efter prövoperioden.
Men till sist hittade man en kompromiss som både kommunerna och samebyarna kunde acceptera.
– Jag är mycket nöjd. Nu finns det en grund för att jobba konstruktivt med en lokal förvaltning av världsarvet, säger Jokkmokks kommunalråd Robert Bernhardsson (S).
Förslaget går ut på att Mijá ednam har ordförandeskapet under fyra år. Sedan får kommunerna vara ordförande i två år. Sedan går ordförandeskapet till samebyarna under fyra år, kommunerna två år och så vidare. Staten har avsagt sig ordförandeskapet.
– Det är ett roterande ordförandeskap som är viktigt eftersom det säkrar ett större engagemang från kommunernas sida. Det var en progressiv lösning från Mijá ednam och jag är tacksam över att samebyarna också ser fördelarna med en samförvaltning, säger Johan Antti.
Men beslutet splittrar Mijá ednam.
– Det känns inte bra. För mig är det ett steg bakåt från det som samebyarna kämpat för ända sedan 1990-talet, säger Helena Omma, ordförande i Mijá ednam.
Totalt nio samebyar är representerade i Mija ednam. Tre av dem sade nej till kompromissen: Baste, Unna tjerusj och Gällivare skogssameby.
Omma tillhör Unna tjerusj och vill fundera över sin framtid i organisationen.
– Jag måste smälta intrycken från dagen innan jag tar något beslut.
Finns det risk att samebyar lämnar Mijá ednam?– Det kan jag inte svara på.
Norrbottens Media har sökt ett tiotal representanter för samebyarna Sirges, Jåhkågasska, Tuorpon och Luokta Mavas utan att nå någon som vill uttala sig om överenskommelsen.