Det var i den tekniska utredningen efter rånet på Notviksstan i Luleå mot Hem & Dig den 10 maj förra året som bilder och filmer anträffades i 16-åringens mobiltelefon. Kammaråklagare Moa Ejnestrand, som lett utredningen, anser det bevisat att pojken utfört samlag med en flicka som vid tiden för brottet var i nedre tonåren.
16-åringen misstänks även för grovt utnyttjande av barn för sexuell posering och grovt barnpornografibrott.
Enligt åklagarna har pojken skildrat flickan med både bilder och filmer. "X har därefter innehaft materialet som består av 44 filer. Av dessa är fem filmer att betrakta som särskilt hänsynslöst övergreppsmaterial", skriver Moa Ejnestrand i sin gärningsbeskrivning i åtalet.
Sexualbrott som enligt åklagarnas påstående ska ha skett under maj månad i fjol.
På torsdagen inleddes den omfattande rättegången efter rånet där totalt nio pojkar har åtalats för inblandning. Påståendet från åklagaren är att sju av dem deltagit.
Tre av dem erkänner inblandning.
Två ställs inför rätta misstänkt för medhjälp till rån.
En av de misstänkta rånarna åtalas även för ett personrån tillsammans med en flicka.
Rättegången i brottshärvan inleddes på torsdagen med den misstänkta våldtäkten.
Magnus Müchler försvarar 16-åringen.
– Han förnekar samtliga brott. Han vidgår de faktiska omständigheterna men han har levt i den uppfattningen att målsägaren har varit mellan 15 och 16 år gammal, säger Magnus Müchler som i övrigt inte ville lämna några kommentarer.
De två åklagarna avstod också från att kommentera fallet i nuläget.
Utöver dessa påstådda brott kommer misstankar om sabotage mot blåljusverksamhet, våld mot tjänsteman, narkotikabrott och flera misshandelsfall att tas upp under rättegången.
Åtalspunkterna efter rånet på Notviken avhandlas efter påsk under fyra förhandlingsdagar, exklusive slutanföranden, med start den 22 april.
Totalt är nio dagar i rätten preliminärt inplanerade med en reservdag. Rättegången i Luleå tingsrätt avslutas den 29 april.