Uppgiften om antalet smittade kommer mindre än tre månader efter det att man lyckats stoppa ett ebolautbrott i östra Kongo-Kinshasa.
Utbrottet är det elfte i landet sedan ebola identifierades som smitta 1976.
– Med 100 fall av ebola på mindre än 100 dagar så utvecklas utbrottet i provinsen Équateur på ett oroande sätt, säger Matshidiso Moeti, som är världshälsoorganisationen WHO:s regionchef i Afrika.
I den senaste virusepidemin i östra Kongo-Kinshasa dog över 2 000 människor. I genomsnitt avlider omkring hälften av dem som smittats, enligt WHO; andelen döda har i de senaste utbrotten varierat mellan 25 och 90 procent.