Attacken inleddes i distriktet Bugarama i Rumongeprovinsen i söndags och fortsatte på måndagen.
– De beväpnade männen förde bort och dödade alla de stötte på innan de drabbade samman med armén, säger ett vittne.
Det är oklart om de döda var civila, angripare eller militärer.
En rebellgrupp som påstår sig ligga bakom attacken skriver i ett uttalande att den motsätter sig president Evariste Ndayishimiyes valseger i maj.
Det östafrikanska landet har i decennier plågats av etniskt och politiskt motiverat våld. Omkring 300 000 människor, majoriteten civila, dödades i ett inbördeskrig åren 1993–2005.