– Jag gratulerar alla i Sudan till en historisk och omfattande överenskommelse om fred, sade Gibril Ibrahim, ledare för rebellgruppen JEM, enligt nyhetsbyrån AFP.
Undertecknandet av fredsavtalet skedde i Juba i grannlandet Sydsudan, som agerat medlare i konflikten.
Bland grupperna som ingått överenskommelsen finns paraplyorganisationen Sudans revolutionära front (SRF), Rörelsen för rättvisa och jämlikhet (JEM) och Sudans befrielsearmé (SLA), skriver nyhetsbyrån Reuters.
Tusentals liv
De två sistnämnda grupperna beskrivs ofta som dominerade av svarta sudaneser. De anklagade 2003 den arabiskt präglade centralmakten i Khartum för att marginalisera befolkningen i Darfur och understödja härjningar av milis. Det blev upptakten till Darfurkonflikten som enligt FN krävt närmare 300 000 liv.
– Vi har inlett en verklig förändring i Sudan från diktatur till demokrati, sade Sudans informationsminister Faisal Mohammad Salih, i samband med ceremonin i Juba.
"Lång väg"
Samtidigt medgav ministern att det fortfarande återstår lång väg att vandra, och att svårigheter väntar då överenskommelsen ska överföras från pappret till verkligheten.
– Men den politiska viljan finns, tillade Faisal Mohammed Salih, enligt AFP.
I april i fjol avsattes Sudans mångårige diktator Omar al-Bashir efter månader av folkliga protester. Demonstrationerna fortsatte sedan mot den militärjunta som installerade sig själv i al-Bashirs ställe.
Först i juli förra året nådde militärjuntan och en allians av oppositionella grupper en uppgörelse om samstyre, med det uttalade målet att Sudan ska hålla demokratiska val år 2022.