Faluåkaren Eva Svensson som redan under den föregående omgången i Lettland visat stigande form gick hela vägen till seger, 50 sekunder före Pajala och 9 före andraplacerade norskan Maria Nysted Grönvoll.
I totalsammanställningen stod sig dock svenskan slätt med femte plats - efter fyra norskor med suveräna Martine Ek Hagen, ej på plats i Estland, som cupsegrare.
Magdalena Pajalas placering i distansloppet var hennes bästa under cupen och gav tillsammans med elfte plats vid lördagens sprint, också den i klassisk stil, totalresultatet 23:e plats.
Men det kunde faktiskt gått ännu bättre om inte oturen varit framme i sprinten. Pajala vann kvartsfinalen och låg i rygg på ledande Grönvoll inför semifinalens upplopp då hon föll på en isfläck. Därmed tappade hon till femte plats och missade finalchansen.
Nästa uppdrag för Magdalena Pajala blir världscupsprinten i Szklarska Proeba, Polen, till helgen.
Pajalas klubbkollega Mikael Norberg gick inte vidare i sprinten och stannade efter 26:e plats i herrarnas 15-kilometerslopp på en total 44:e plats i cupen.